6号线起于潘墩站，该站位于潘墩路、林浦路交叉口，设站前单渡线、站后折返线。
线路出站后向东，沿林浦路行至原福泉高速公路收费口，于福泉连接线北半幅设林浦站，与轨道交通4号线同台换乘。结合北侧地块建设综合交通枢纽。
线路沿福泉连接线东行至现状芦岐村附近设芦岐站，站后设出入线接轨樟岚停车场。然后线路继续沿福泉连接线东行，至现状梁厝村南侧设梁厝站，与1 号线同台换乘。1、6 号线四线并行至下洋村设下洋站，与1 号线平行站厅换乘，车站北端设两股道停车线，并与1 号线设联络线。
线路出站后下穿东部新城规划轴线河道，过三江路后设峒口，之后上坡接道庆洲大桥。跨乌龙江段本线与道庆洲大桥共建（本项目不含道庆洲大桥土建部分）。共建段长约4.7km，桥梁采用分层布置，上层为道路路面，下层为轨交通道。过乌龙江后继续结合大桥沿203省道敷设，随后跨沈海高速、三汊港，于省道S203、瀛洲路口东侧设营前站，站台东侧设单股道停车线，与规划轨道交通9号线“L”型通道换乘。
线路继续沿省道S203路中敷设，经长安路、长限村后于长乐环岛设航城站。
之后继续沿郑和路东行，至奎桥路口设十洋站。
线路向东南转向，至东鹤路、鳌山路口设鳌头站。
出站后线路进入滨海新城，下穿严义山后至鹤梅线设鹤上站，站台东侧设停车线。
线路过省道S203进入滨海新城，设沙京站、莲花站、滨海新区站、壶井站、万寿站，其中莲花站西端设出入线接轨横港车辆段，中间风井出一根八字线接轨横港车辆段；万寿站与规划轨道交通7号线节点换乘，站台东侧设两股道折返线，线路转向东北进入漳江大道走行，漳江大道上设尚迁站。
继续沿漳江大道北行，于机场高速南侧新塘埔附近设漳港站。
线路穿越机场高速路基段，转至省道S201向东走行，再次向北转向，沿机场高速北侧转入机场进场路，沿进场路西侧绿化隔离带走行，区间避让规划进场路下立交，至T1 楼现状停车场下设机场站，为全线终点站，站前设单渡线，站后设四股道折返线兼停车线，与远期机场城际线换乘。
2018年7月19日，据市发改委本次发布的消息，6号线东调段主要位于滨海CBD地区，西起在建万寿站，沿途设花亭站、滨海CBD站、沙尾站、金滨路站、国际学校站。线路出站后沿规划道庆路道路直行，至规划道路交叉口设滨海北站，为地下二层车站，与规划12号线通道换乘。线路出站后南拐至东西向规划道路，并始终沿该规划路直至终点。
东调段工程线路全长约5.29km，采用地下线敷设方式，设车站6座（含换乘站3座），平均站间距0.93km。最大站间距为1.51km（金滨路至国际学校站），最小站间距为0.60km（滨海CBD站至沙尾站）。
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